依據雲林縣政府及所屬各機關學校專戶存管款項管理要點規定，如欲設立專戶，在開戶前須填具「專戶存管款項申請表」，並會辦主（會）計及出納單位，敘明理由向縣府(財政處)提出申請。獲得同意後應於30日內至縣庫代理銀行或代辦機構開戶存管；但其他法令另有規定者，從其規定。另外，在開戶完竣後30日內，應填具「專戶開(銷)戶及更換戶號備查表」報縣府(財政處)備查；銷戶或更換帳號、戶名時，應持相關證明文件，逕洽原開戶金融機構辦理變更，並於變更後填具前項備查表逕送縣府(財政處)備查。